La ocupación prehispánica de la isla Cancún y de El Rey en particular, parece haberse iniciado en una época muy temprana (ca. 300 a.n.e.), cuando seguramente había pequeños asentamientos con plataformas bajas sobre las que descansaban construcciones de madera y palma de las que no se conserva ninguna evidencia. Más tarde, entre 200 y 1200 d.n.e., parece haberse conservado como un área de asentamientos reducidos, posiblemente involucrados en actividades pesqueras y en el comercio de sal. No es sino hasta el período conocido por los arqueólogos como posclásico tardío, que la zona isleña cobra mayor importancia demográfica y arquitectónica. Las estructuras que hoy pueden verse en el rey corresponden a ese tiempo (1300- 1550 d.n.e.) y son típicos ejemplos del estilo arquitectónico conocido costa oriental, al cual también pertenecen sitios mejor conocidos, como Tulúm.

           Al igual que otros poblados costeros de la zona, El Rey debió haber funcionado como el centro de una pequeña ciudad dedicada principalmente al comercio marítimo y las actividades pesqueras, pues se encuentra ubicado en una posición privilegiada que permite el acceso tanto al Mar Caribe, como a la Laguna Nichupté, lugares en donde tradicionalmente se han obtenido diversas especies comestibles. Esta aparente bonanza habrá sido destruida a la llegada de los españoles en el Siglo XVI, pues significó la desarticulación de las rutas que se habían mantenido en el caribe durante varios siglos, posterior a este momento y a la huida de los habitantes de el rey y otros sitios hacia el interior de la península, el área quedo deshabitada y a merced de los piratas que asolaron estos mares lo largo de los siguientes tres siglos.